中山杉的耐涝特性遗传了其亲本落羽杉的特征，落羽杉耐涝机理的研究重点涉及生理、形态解剖及生长情况等方面。生理方面，主要探讨了水淹以后气孔导性、呼吸速率、净光合速率等产生的变化。形态解剖上的适应性主要表现为水面以下部分树干的管胞变得较宽，细胞壁变薄，树皮变薄，树干基部膨大，树干上有气生根分布，近地表有一轮根系分布，直根不明显，水平根发达；落羽杉在淹水以后的生长量并没有显著减少，而且间歇性淹水，对其生长还有一定的促进作用。

中山杉能够耐涝害，以种植在南京八卦洲的中山杉和水杉为例，1990年代发生涝害时，中山杉在淹水深度为100cm左右的情况下浸泡15～20d，水退后观察，植株没有受到任何影响；然而同样条件的水杉叶子枯黄、而且烂根， 枯死。中山植物园进行杂交系列新品种水培法耐盐实验，对照组118、102、149等8个品种水培法连续浸泡120d后，不仅没有出现死亡，而且生长正常。