水杉种粒具有细小的特点，且出苗率非常低（即8%）。因此，在种子处理环节，需要采用科学的处理方法，以提高种子出苗率。其原理是促进种皮软化，提高种子的通透性，增强其吸胀能力，慢慢分解种子内含有的脱落酸和酸化物，从而增强酶活性，同时将复杂的化合物转化成为可溶性物质，利于种胚的良好发育，进而提高水杉种子的发芽率。

根据上述原理，可采用两种方法来进行处理。首先是温水浸种催芽法。需要将种子置于温度为30℃的水中进行浸泡，待其自然冷却之后，种皮会软化，然后将浮于水面的劣种清除出去，再捞起水底的优质种子，放在备好的筐中，沥干其水分后，再置于通风环境中，给予适当的喷水，保持均匀湿度。在至少30%的种子开裂露白之后，才可以开始播种。其次是植物激素浸种催芽法。主要是采用ABT3号生根粉对种子进行浸泡，容量为200×10-6，浸泡时间需长达12h，之后才可以将其捞起，沥干水分，再进行播种。